Для того чтобы заблокировать какой-то один сайт пользователя на сервере с IspManager достаточно выполнить следующее:

1. Открыть конфиг Apache для редактирования: nano /etc/apache2/apache2.conf
2. Найти в конфиге блок отвечающий за локацию сайта на сервере и отредактировать её: <directory /var/www/user_name/data/www/site.name></directory>
   #php_admin_value open_basedir "/var/www/user_name/data:."
AllowOverride none
Deny from all
ErrorDocument 403 /disabled/index.html/li>
3. Перезапустить Apache: /etc/init.d/apache2 restart